O antigo Asilo São Luiz foi fundado em 21 de junho de 1919, pelo Padre João Michel e pela Madre Maria dos Anjos de Rullier, na época para assistir órfãos de pais vitimados pela gripe espanhola.
Anos após sua fundação, em 1957, o arcebispo Dom Manuel da Silveira D’Elboux, reconhecendo a importância social da instituição, cedeu em comodato o prédio situado à Rua Bento Viana, 71, onde o Lar encontra-se até hoje. No início da década de 70, o então Asilo São Luiz, passou a se chamar Lar dos Meninos de São Luiz, abrigando 50 meninos internos e 70 em regime semi-interno. Foi somente em 1986 que o Lar adotou a rotina cumprida até os dias de hoje, atendendo crianças em situação de vulnerabilidade social, estudantes da Escola Municipal São Luiz, em regime de contraturno.
Ao longo desta história passaram pela instituição mais de 14.000 crianças, atendidas em sua maior parte pelas Irmãs de São José de Chambery, que durante 94 anos mantiveram o projeto vivo.
Em 2014 o Lar dos Meninos de São Luiz passou a ser mantido pela Arquidiocese de Curitiba, representada pelo Pároco do Santuário do Sagrado Coração de Jesus no exercício da efetiva administração da instituição.